（そうごうとくべつくいき）
区域を指定して規制・制度の特例や税制・財政・金融措置を総合的に適用する制度、またはその制度によって指定された区域をいう。
この制度は、実現可能性のある区域を限定し、そこに国と地域の政策資源を集中して、規制・制度の特例と税制・財政・金融上の支援を総合的に実施することによって包括的・戦略的な政策課題の設定・解決を図ることが目的とされる。
総合特別区域には、国際戦略総合特区（経済成長を牽引する産業・機能の集積を形成）および地域活性化総合特区（地域資源を活用した地域力の向上）の2つのパターンがある。いずれも、
1．地方公共団体が地域協議会の協議等を経て指定を申請
2．内閣総理大臣が総合特別区域推進本部の意見を聴いて指定
3．総合特別区域計画の作成・認定（特例措置・支援措置の対象事業について記載）
という手順を経て実現する。
適用される特例・支援措置としては、
1．「建築基準法」の特例などの法律や政省令等の特例および条例委任の特例（規制・制度の特例）
2．国際競争力強化のための「法人税」の軽減等（税制上の支援）
3．各府省庁予算制度の重点的な活用等（金融上の支援）
4．総合特別区域支援利子補給金の支給（金融上の支援）
などがある。